1895年中日甲午战争以清政府的失败结束，4月17日，李鸿章代表清政府与日本签订丧权辱国的《马关条约》，其中：中国将辽东半岛、台湾岛及所有附属各岛屿（包括钓鱼岛）、澎湖列岛割让给日本；中国“赔偿”日本军费白银两亿两；后增加三千万两“赎辽费”；开放沙市、重庆、苏州、杭州四地为通商口岸，日本政府得派遣领事官在以上各口岸驻扎，日本轮船得驶入以上各口岸搭客装货；等等。

甲午战争失败标志着清朝历时三十余年的洋务运动的失败，取得的近代化成果化为乌有，打破了近代以来中国人民对民族复兴的追求的梦想。割地赔款，主权沦丧，便利列强对出资本，掀起瓜分狂潮，标志着列强侵华进入了一个新阶段，大大加深了中国的半殖民地化，中国的国际地位急剧下降。甲午战争的失败，也刺激了年青一代的中国人挽救民族危亡的热情。

在这种情况下，1895年的一天，在苏州宫巷，基督教堂——乐群社会堂，信徒们正在唱圣歌（赞美诗），孙乐文夫人用手风琴伴奏，路人纷纷进去观看，随后，孙乐文牧师粉墨登场进行布道（传教），这时从外面进来6位身着长衫的青年男子，悄然在后排入座，这事在以前不仅是在苏州，在其他地方也是很少见的。孙乐文看到有年轻的中国人进来惊喜万分，而且在他布道结束以后他们并没有离开。孙乐文邀请他们去办公室喝茶聊聊。其中一位稍微年长一些的青年，犹豫一下，清了清嗓子，对孙乐文牧师说：孙乐文先生，我们是想请你来帮忙。原来，他们是想学习英语！他们赞同戊戌变法中康有为、梁启超以及张之洞他们的观点，认为中国应该向日本一样，向西方学习，中国要变强只有向西方学习，别无他路。他们对孙乐文说：在我们看来，由于要学的东西很多，最好的方法是首先学好你们的语言，这样我们才能读你们的书，学习你们的知识。

孙乐文很受感动，他说，只要你们能组织满20人，就可以开班。于是在1895年11月18日，有25位青年学生的宫巷书院正式开学。孙乐文家庭中三个成员教英语，而李伯莲、李仲覃（他们是李政道先生的伯祖父和祖父）兄弟教汉语、数学、初等自然科学。

1899年  1899年10月，在天赐庄首堂举行监理会第十四次年议会，总干事蓝华德和惠会督（Ｗilson Ａlphous Ｗ．）前来参加。“会议提出调整现有学校，并与其他学校发展为由苏州一所大学牵头的一个体系。”经六天讨论，议决以宫巷书院为基础，迁天赐庄旧舍，创办一所大学，先设文科、圣道科和医科，为监理会的最高学府。

 1900年５月，创办大学的计划书送到监理会本部。接着在田纳西州首府开会讨论，大家一致同意。东吴大学董事会在美国成立，议定宫巷书院搬到天赐庄，孙乐文成为东吴大学首任校长。1901年3月8日，东吴大学正式开班。她是中国最先采用西式教育的高等学府，在《东吴大学试办章程》中指出：东吴大学的名字表达了这个学校的宗旨是提供一个宽阔而全面的教育，而不是中国长久实行的狭隘的课程，学校希望发展成拥有本科和研究生课程的现代大学。

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